Όπως αναφέρεται από διάφορους συγγραφείς, η ποικιλία μοσχάτο Σάμου, έχει Μικρασιατική προέλευση και είναι προϊόν μεταλλαγής.
Εμφανίστηκε στη Σάμο κατά τα τέλη του 16ου αιώνα, όπου λόγω περιβάλλοντος απέδωσε πλήρως τα χαρακτηριστικά της.
Είναι ταυτόσημη ποικιλία με την Muscat de frontignan που καλλιεργείται στη μεσημβρινή Γαλλία και δεν υπάρχει αμφιβολία, ότι οι Γάλλοι, κατά την εποχή της φυλλοξήρας, πήραν μοσχεύματα απ’ την Σάμο και τα φύτεψαν στη Γαλλία δημιουργώντας αυτή την ποικιλία (muscat de frontignan).